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    在参照的主体上，《建设工程司法解释一》仅规定了“承包人”请求参照合同约定支付工程价款，这一表述在实践中让人误认为仅能由承包人主张，而发包人无权主张。实践中，一些地方法院不得不通过发布文件等方式来加以澄清，譬如2012年北京市高级人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件若干疑难问题的解答》（京高法发〔2012〕245号）第17条规定：“建设工程施工合同无效，但工程经竣工验收合格，当事人任何一方依据《解释》第二条的规定要求参照合同约定支付工程折价补偿款的，应予支持。承包人要求发包人按中国人民银行同期贷款利率支付欠付工程款利息的，应予支持。发包人以合同无效为由要求扣除工程折价补偿款中所含利润的，不予支持。”有鉴于此，民法典不再单独规定承包人可以请求参照，而是笼统地规定“可以参照”，意即双方均有权主张。
    在审判实践中，鉴于建设工程的特殊性，虽然合同无效，但施工人的劳动和建筑材料已经物化在建筑工程中，在建设工程合同无效但建设工程经竣工验收合格的情形下，承包人请求参照有效合同处理的，应当参照合同约定来计算涉案工程价款，但承包人不应获得比合同有效时更多的利益。例如，在最高人民法院2019年审结的一起案件中，发包方与承包方就一商品房小区的建设工程签订《银古花园补充协议》，其后承包方通过招投标程序中标并与发包方签订《建设工程施工合同》用以备案。在工程经过预验收并通报验收检查中存在的各施工单位未完成项目、未整改处理项目后，承包方撤出现场。其后承包方认为工程已通过竣工验收并催促发包方支付工程价款，涉案工程双方未进行移交，承包方实际施工的工程未经结算，施工资料亦未向发包方移交，双方就此产生纠纷并诉至法院。法院认为，当事人签订的《银古花园补充协议》及《建设工程施工合同》因“先定后招”的串标行为而应被认定无效，且涉案工程系未完工工程，已完工工程经过司法鉴定，存在诸项需要修复的质量问题并未通过竣工验收，但法院依据相关鉴定材料认为，涉案工程可以进行修复且经修复后有利用价值，因此根据案件实际情况，参照鉴定意见由承包方承担修复费用而视为工程验收合格，进而法院参照实际履行的合同以及合同无效不应获得比合同有效更高利益的原则确定工程价款。[20]
    另外，前引《民法典》第793条第3款规定，“发包人对因建设工程不合格造成的损失有过错的，应当承担相应的责任”，这源自《民法典》第157条后半段规定：“有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失；各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。法律另有规定的，依照其规定。”由此，本条文保持了与民法典总则的逻辑一致性。
    另外，在实践中，判断建设工程合同的效力经常需要解决以下问题。
    1.基于“挂靠”关系所订立的建设工程合同
    “挂靠”是典型的行业术语，属于实践中约定俗成的“行话”，并非严谨的法律概念。在建设工程领域，“挂靠”是十分普遍的现象；因此，在民法典编纂的过程中，曾有专家建议民法典对此应作出规定。根据2014年住建部《建筑工程施工转包违法分包等违法行为认定查处管理办法（试行）》第10条的规定，挂靠“是指单位或个人以其他有资质的施工单位的名义，承揽工程的行为”。在实践中十分常见的是：没有取得施工资质的单位或个人借用施工资质的企业名义承揽工程，或施工资质等级较低的施工企业以施工资质等级较高的企业的名义去承揽工程，并向出借方缴纳一定比例的管理费。名义上的工程承包人（被挂靠人）并不实际组织施工，而是交由无资质或者资质等级低的挂靠人施工作业。《建筑法》第26条规定，“禁止……以任何形式用其他建筑施工企业名义承揽工程。禁止建筑施工企业以任何形式允许其他单位或个人使用本企业的资质证书、营业执照，以本企业的名义承揽工程”。第66条规定：“建筑施工企业转让、出借资质证书或者以其他方式允许他人以本企业的名义承揽工程的，责令改正，没收违法所得，并处罚款，可以责令停业整顿，降低资质等级；情节严重的，吊销资质证书。对因该项承揽工程不符合规定的质量标准造成的损失，建筑施工企业与使用本企业名义的单位或者个人承担连带赔偿责任。”然而，尽管法律有明文规定，实践中挂靠现象仍然屡禁不止。
    根据《建设工程司法解释一》第1条第2项规定“没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义的”，合同无效；这被一些学者认为是“只是具有名义上的合法资质等级，其实质仍属无资质承揽工程”的“脱法行为”，因而应被认定为无效。[21]然而，随着2009年《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国合同法〉若干问题的解释（二）》的出台，学界对这一问题的看法发生了转变。有论者指出，《建设工程司法解释一》出台时《合同法解释二》尚未出台，彼时学术界对将法律的强制性规定区分为效力性强制性规定和管理性强制性规定尚无统一意见。《建设工程司法解释一》的起草者并未对法律、法规有关转包、分包和借用资质的强制性规定属于效力性规定还是管理性规定进行区分。因此，不能得出发包人与出借资质企业之间施工合同无效的结论，而应当根据合同当事人双方之间的合同要素和具体情形，分别作出判断。[22]
    有论者指出，应区分发包人明知挂靠关系和发包人不知挂靠关系的不同情形，分别加以处理。《建设工程司法解释一》针对挂靠形成的建设工程合同笼统宣告无效，对于施工合同中诚信的发包人利益的保护极为不利，不符合公平原则。更适宜的方式是，结合发包人在订立施工合同时的主观状况，也就是对于实际施工人借用资质的情况是否明知来决定施工合同的效力。如果发包人明知挂靠关系的存在，此时按照《合同法》第402条的隐名代理关系来处理即可，合同直接约束发包人和挂靠人。而如果发包人对挂靠关系不知情，则只能认定在出借资质的被挂靠人与发包人之间形成建设工程施工合同法律关系，而不能让合同约束发包人和挂靠人。“对于仅具有违反建筑企业资质管理制度出借资质的行为，但并不欠缺相应资质的挂靠施工合同……应审慎认定施工合同无效，适用更有利于维护各方利益的裁判规则……人民法院在认定挂靠施工合同无效的裁判规则上，存在一个由‘紧’到‘松’的变化过程。这一变化过程体现我国合同司法领域尊重了合同法律的效率价值，慎重认定合同无效，尽量促成交易的趋势，也有利于保障诚信的发包方权益，体现合同法律的公平价值。”[23]由此，如果施工企业具备相应资质，仅违反资质管理规定存在借用资质订立施工合同的行为，或是在施工企业暂时存在资质缺陷但在规定期限内能够进行补正的情形下，都不会对施工安全和工程质量造成威胁，不存在违反立法目的的情形；在此情况下，实际施工人借用资质订立的施工合同并非必然无效。[24]
    而值得注意的是2018年《建设工程司法解释二》第4条的规定：“缺乏资质的单