解）和它对智慧及辩证法的运用，确实帮助形成了早期基督教思想。《圣经》释义的概念、禁欲主义、隐逸主义、隐修主义的践行都能在俄耳甫斯秘仪、灵知和新柏拉图主义中找到。[812]我们要理解（甚至撰写）和展示早期基督教和现在的基督教有什么不同，是很困难的。
克莱门特认为所有的知识（灵知、哲学、理性）都是基督教的基础。例如，人类早期阶段对天体的崇拜，“是为了从这些令人敬畏的天体进而崇拜造物主”。[813]他说，圣父是哲学家的绝对真理，圣子是上帝的理性（“道”）。由此他认为一个基督徒的生活就是情欲将他向下拖拽和信徒严格要求之间不可避免的冲突。人是为了沉思上帝而被创造的，所有的知识都是为此做准备，所有的行为都指向这一目的。
亚历山大港早期新柏拉图主义基督教世界至少发生了两次激烈的争执。第一次发生在2世纪，起因是异教徒哲学家瑟尔苏的专著《真言》。瑟尔苏无法理解为什么那么多犹太人背弃了他们祖先的神圣戒律，而皈依新的宗教。瑟尔苏抨击弥赛亚，指出他出生于一个小村庄，母亲是一个与士兵通奸之后被丈夫休弃的女人。他不无讽刺地说，这可不像一个神的出身。他又将耶稣的所谓疗病能力与“埃及巫师”做比较，这些巫师“每天都在集市上为了几个小银币”表演与弥赛亚类似的戏法。“我们不叫他们上帝之子，我们叫他们无赖和流浪汉。”[814]瑟尔苏坚持认为人类并不比狮子或海豚更受造物主的青睐，基督徒所持的只有他们才掌握神圣知识的观点是很荒谬的，救赎和赐福的“承诺”只是妄想。但瑟尔苏不仅仅是一个善辩家，也是一个能干的研究者。他说明了撒旦的概念源自哪里，巴别塔的故事只是剽窃了早期的希腊思想，天堂来源于柏拉图的一个概念。基督教就是一堆“借来的”、思想上支离破碎的大杂烩。
他的指控一个多世纪都没有人回应，直到克莱门特的追随者之一俄利根·阿达曼提乌斯毅然承担了这一任务，他更为人所知的名字是俄利根。他很小心，没有去反驳那些无法反驳的部分，而是指出宗教信仰总是比哲学更有益，更能满足情感需要，更能提升道德，只要基督徒过着有道德有收获的生活，基督教就有存在的意义。
但即使是俄利根也认为圣父和圣子的本质是不同的，不属于同一个三位一体。实际上，他认为两者之间相差巨大，圣子远远低于圣父，根本不应该受到崇拜。这一观点在撼动基督教的第二次大辩论，即所谓的阿里乌异端中找到了共鸣。不仅仅是共鸣。我们无法确定阿里乌出生于利比亚还是亚历山大港，可以确定的是他成年后生活在亚历山大港。他似乎是个好争论的人，曾两次被亚历山大港的主教处罚，但他最著名也是最惹麻烦的观念是对基督神性的质疑，宣称耶稣是“被造出来的”，因此完全不同于（且低于）上帝圣父。这成为亚历山大港街头巷尾热议的焦点，还发生了流血事件。对阿里乌来说，耶稣介于上帝和世界的中间，他先于时间和所有生物而存在，是上帝思想的执行者。但耶稣是被造出来的，阿里乌说，不是以圣父的本质所造，而是从虚无中产生。[815]因此耶稣不是永恒的，也不是不变的。阿里乌在论辩中指出，基督曾在圣经中说：“因为父是比我大的。”
第一次世界性基督教会议于公元325年在尼西亚召开，以解决这一问题。会议做出了驳斥阿里乌的决议，确定圣子与圣父具有相同的本体。阿里乌拒绝接受这一决议，但即使如此，他还是被准许回到亚历山大港。然而，他刚回城，就在去教堂参加重新入教仪式的路上胃痉挛发作，肠子排出体外，“大量”出血，几乎立刻就毙命。之后好几年，亚历山大港人都避开阿里乌的死亡地点。
还有最后一种需要考虑的亚历山大港思想：经验主义。我们知道，古埃及有“大量”医生，不过当时的医生主要是理论家（术语为伊阿特洛索菲者）。也就是说，医生对于疾病是怎么产生的、什么治疗手段可能会起作用有很多理论，但他们不会做实验来验证他们的理论。还没有人想到这样做。但是似乎在公元前3世纪初的亚历山大港，至少有两个医生，希罗菲卢斯和埃拉西斯特拉图斯，获准对“经国王允许从监狱中”获取的犯人身体进行解剖。这些实验震惊了许多市民，但活体解剖带来了太多的新发现，以至于“用希腊语都不能对其全部命名”。[816]他们俩都应该感谢亚里士多德，他与斯多葛派学者实际上已经提出了尸体的世俗化，认为“所有事物在道德上中立”。[817]
希罗菲卢斯取得了两点进步。一是在医学领域建立了“小”文化，即对身体微小结构的认知。他发现了神经的存在，精确地区分了运动神经和感觉神经，分辨了脑室、眼角膜和视网膜。他是第一个精确描述了肝，对胰腺、卵巢、输卵管和子宫进行深入研究的人。他揭开了子宫的神秘外衣以及排除了子宫在主人情绪激动的时候会动的观念。[818]他的第二个成就是对身体的数学处理，认为胚胎的发展有阶段性，疾病（如发烧）有周期性，并提供了关于脉搏的一套定量理论。他认为，脉搏在生命的不同阶段会发生变化，每一阶段都有特别的“音乐”或节奏。婴儿阶段首先是抑抑格（∪∪），青少年阶段是扬抑格（—∪），鼎盛期是扬扬格（——），老年是抑扬格（∪—）。他制作了一个可携带的滴漏计时器来测量病人的脉搏。[819]他还注意到伤口的几何图形：圆形伤口比其他伤口愈合得慢。
在某种程度上，按照我们今天的看法，埃拉西斯特拉图斯在数学化的道路上比希罗菲卢斯走得更远，他认为身体是机器的一种形式，所有的生理过程在它们的物质特征和结构方面都是可以理解的。[820]他说，血和空气从心脏和肝通过动脉机械地流动，灵力通过神经从大脑辐射出去。他认为，心脏就是一个风箱，有防止倒流的瓣膜。此时克特西比乌斯已经发明了两箱水泵，尽管我们不知道是埃拉西斯特拉图斯借鉴了克特西比乌斯还是克特西比乌斯借鉴了埃拉西斯特拉图斯。不过，埃拉西斯特拉图斯确实认为身体是有目的的，他不是一个像诸如启蒙时代法国生理学家那样的纯机械论者。[821]
纵使有着令人震惊的性质，产生了令人惊讶的结果，实验医学（或说无论什么实验）似乎没有流行开来。一千四百年后，实验才被当成一种严肃的方法。[822]
另一方面，虽然实验没有流行开来，另一种形式的经验主义却很流行。其创立者是科斯岛的菲利努斯，他与希罗菲卢斯走上了不同的道路。我们对菲利努斯知之甚少，我们所知道的是来自2世纪希腊的著名医生盖伦。菲利努斯写了许多关于亚历山大港医学经验主义的书，告诉我们，他们已经抛弃了理论（当时认为理论就是能够通过“精神之眼”看到的），转而认为真正的见解只能通过观察在某一状态下发生了哪些情况（这样一组观察资料被称为“症状”）而得到。另外，对菲利努斯来说，有三种方式可以获得这种经验：第一，仔细观察；第二，分析类推，使医生能够初步判断适用于身体一部分的药物可能也适用于另一部分；第三，早期书卷和书册的研究成果。这样，记录希波克拉底医学传统的作品就或多或少被当成了一种研究工具（套用今天的话），它增强了，而不是削弱了该传统权威性。后来盖伦在2世纪重新发现了实际调查的重要性。但他也是个学究派，经常借助图书馆，或出没在专卖医学书籍的书商之间。很多个世纪以后，医学才会向经验主义传统敞开大门，而这一传统在今天使我们受益良多。[823]
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